日本公司报税分为2种，一种是离岸公司，也就是在日本注册了公司没有在日本当地经营以及做商业活动，这种情况不需要交税，需要对日本公司进行年审，另一种是在日本公司注册了公司，在日本实地经营，那么就会产生相关的税务，需要每月、每年提交财务报表进行报税，并进行日本公司年审。
对于日本实际经营的公司，就必须依据其全球营业收入情况，向日本政府申报税务，并缴纳相应税金，也就是说，日本实行的是属地税制，对所属的公司，进行全球征税。通常，在日本实际经营的公司，会涉及多个税种，包括对企业及个人所得征收的法人税、个人所得税、都道府县民税、事业税、市町村民税，以及交易流通征收的登记许可税、印花税、房地产购置税和汽车购置税。
依照日本现行的法律要求，日本公司税务申报和税金缴纳分为期中申报缴纳和终申报缴纳两期。
1、期中申报缴税
期中申报故名思议，就是指当某公司的会计年度超过6个月，需要在该会计年度开始之日起计满6个月后，在其后2个月内提交前6月的税务申报表，并缴纳相应税金（也可简单理解为税务半年报）。
2、终申报缴纳
需要在财务年度结束后2个月内，依据股东大会展示的财务报告为基础，进行税务申报并缴纳相应税金（主要为法人税、法人居民税、事业税等）。但如果日本公司因特殊事件而无法按时申报税务（如审计工作未结束而无法形成财务报告，或其他不可抗力因素），可向日本税务署申请延期报税，当税务署署长同意后，日本公司报税时间才能延后。
需要注意的是，无论日本公司的税务申报工作是否获得延期批准，该公司缴纳税金的时限也不能延长。如果依据公司财报计算出的应缴纳税款中，已经包含了期中税款，则可以进行抵扣。
