蛋白质分离和淀粉清洗
分离粗、细渣后的淀粉乳浓度为6～8波美度，含干物质约11～14%。这里的淀粉化学组成分析如下表：
从上表可以看出，淀粉乳中干物质除了淀粉以外，主要是蛋白质和水溶性物质，所以必须进行蛋白质分离和淀粉清洗。
分离蛋白质一般采用流槽分离，因占地大，分离效率低，逐步改用离心机分离。但要求淀粉乳中含渣子要少，防止碟片内喷嘴堵塞，造成机械振动。
分离蛋白质后的粗制淀粉乳必需进行清洗。淀粉清洗大都在清洗池内进行，但清洗时间长，淀粉损失大。现代玉米淀粉厂淀粉清洗采用旋液分离器进行清洗，一般用9～14级旋液分离器处理。根据测定，从离心机出来的淀粉乳蛋白质含量不超过2.5%，经过9级旋液分离器处理，成品淀粉中蛋白质含量可降至0.35%。
离心分离和干燥
从旋液分离器出来的淀粉乳含水分78%，如果淀粉车间与淀粉糖车间结合在一起，就可直接送至淀粉糖车间使用。不必进行淀粉乳脱水和干燥处理。但是从清洗桶得到的淀粉乳含水分离，必须进行脱水处理。
把淀粉乳送入离心分离机进行脱水，可得含水分为45%的湿淀粉，这种湿淀粉也可以作为成品出厂。为了便于运输和贮藏，**进行干燥处理，将淀粉含水分降低至12%的平衡水分。然后作为成品干淀粉出厂。
为了保证成品细度均匀，有时还要进行成品整理。先经筛分处理，筛出规定细度的淀粉，筛上物送入粉碎机进行粉碎，然后再行筛分，使产品全部达到规定的细度。
副产品加工
在生产玉米淀粉过程中，可以得到玉米浆、胚芽、渣子和蛋白质水等中间产品，如果进行加工，均能作为副产品利用。玉米主要副产品加工方法如下：
(1)玉米浆：用二氧化硫溶液逆流浸泡玉米，*后泵出浸泡水含干物质6～7%，可以采用三效真空蒸发，将它浓缩到含干物质50%的浓液，称为玉米浆。根据玉米浆化学成分测定结果如下：
水分48～50% 还原糖5.5%以上 含氨量3.6%以上
无机物10%以上 氨氮0.9%以上 乳酸9～12%以上
主营：江西君正片碱，江西纯碱，江西一水柠檬酸，江西小苏打，江西水玻璃（硅酸钠），江西AES，江西6502，江西磺酸，江西工业盐，江西次氯酸钠（漂水），江西大苏打，江西活性炭，江西元明粉，江西五水偏硅酸钠，江西聚合氯化铝，江西聚丙烯酰胺，江西硫酸铜，江西草酸，江西三聚磷酸钠，江西漂白粉，江西K12，江西硬脂酸，江西聚乙烯醇、江西稀释剂、江西瓷砖清洗剂、油污清洗剂、工业洗洁精、江西工业草酸水、江西除垢剂、江西杀菌剂、江西还原剂、江西除磷剂、(可开增值税发票）全国可发